　　1976年入盟的马刺队是NBA的“插班生”，在90年代由于两位状元秀大卫-罗宾逊(David Robinson)和蒂姆-邓肯(Tim Duncan)的先后加盟，使球队实力得到了两次质的飞跃，以他们为核心的“双塔战术”造就了一支独特且强大的内线，这也为球队带来了1999年度NBA总冠军。

　　历史上，在“冰人”乔治-格文(George Gervin)的率领下，马刺队以其出色的进攻力逐渐成为NBA的一支劲旅，并于82年和83年两次闯入西部决赛，但两次都败给了由“魔术师”约翰逊(Magic Johnson)领衔的洛杉矶湖人队。随着乔治-格文状态的下滑，马刺队也陷入了低谷，之后的六个赛季常常是在季后赛第一轮即被横扫出局，89年甚至沦落到21胜61负的球队最差战绩。
　　2020年11月12日，马刺助教蒂姆·邓肯退出马刺的助教团队，他将回到之前退役后所承担的工作。在邓肯退役后，他经常来到马刺的训练场为马刺球员的发展提供帮助。

　　2021年8月26日，圣安东尼奥马刺官方宣布，球队正式与布林·福布斯完成签约。根据球队政策，合同细节不予公布。 12月27日，马刺在主场144比109击败活塞，常规赛战绩来到了14胜18负。根据数据统计，这场胜利是马刺在AT&T中心取得的第600胜。这座球馆自2002年10月开始成为马刺的主场，本赛季是马刺在这里征战的第20个赛季。

　　2022年2月10日，爵士队、马刺队和开拓者队完成一笔三方交易。马刺队得到托马什·萨托兰斯基和1个来自爵士队的未来次轮签。 4月14日，马刺在客场以103-113不敌鹈鹕，无缘季后赛。 7月11日，据报道，达尼洛·加里纳利与马刺队达成买断协议之后，他已经同意加盟波士顿凯尔特人，并且双方商定好了合同细节。 7月16日，据TA记者Shams报道，经纪人里奇·保罗透露，前锋凯尔登·约翰逊4年8000万美元提前续约马刺。 7月24日，据NBA著名记者Shams Charania报道，今年落选秀乔丹·霍尔与圣安东尼马刺达成了一份双向合同。 12月1日，马刺111-119不敌雷霆，队史自1989年来首次遭遇9连败。

　　2023年2月，马刺送出珀尔特尔，得到猛龙的肯·伯奇、2024年受保护首轮签以及未来的两个次轮签。 2月26日，马刺102-118不敌爵士，遭遇16连败，继续刷新队史最长连败纪录。 6月23日，2023年NBA选秀大会举行，马刺选中法国的维克托·文班亚马，成为马刺队史摘到的第三个状元秀;此外，马刺用44号签选中西迪·西索科，并与贾巴里·莱斯达成一份双向合同。 7月，马刺在与独行侠、凯尔特人的三方交易中获得独行侠球员雷吉·布洛克以及2030年与独行侠的首轮互换权;在与骑士、热火的三方交易中得到前锋切迪·奥斯曼、后卫拉马尔·史蒂文斯、1个2030年骑士的次轮签和1个2026年次轮签;在与太阳的交易中得到卡梅隆·佩恩、一个次轮签;与主教练波波维奇达成一份5年续约合同;正式签下西迪·西索科。